Фамилия Агхамалян — образец армянской родовой модели, где суффикс -ян (диалектные варианты -янц, -енц) указывает на происхождение от предка. Аналог русских -ов/-ев или -ин. Уберите суффикс — останется основа Агхамал.

Корень фамилии восходит к арабскому или персидскому имени Агхамал (или Агамал), что переводится как «господин богатства» или «владыка имущества». Первая часть — ага (в тюркских и персидских языках — господин, хозяин, старший), вторая — мал (араб. и перс. — имущество, состояние, скот). Имя было «говорящим»: его давали в надежде на благосостояние или как прозвище состоятельному человеку. В армянской среде это имя, как и многие другие заимствования из арабского и персидского, прижилось благодаря многовековым контактам и торговым связям.

В отличие от русских фамилий, которые часто закреплялись за крестьянами после отмены крепостного права, армянские фамилии на -ян могли возникнуть у ремесленников, купцов и духовенства. Носитель фамилии Агхамалян, скорее всего, происходил из семьи, где имя Агхамал передавалось как родовое прозвище. Географически фамилия распространена на территории исторической Армении (современные Армения, Турция, Иран), а также в армянских диаспорах — в России, США, Франции.

Редкость фамилии в том, что в русском языке она сохраняет начальное «Аг-» вместо более привычного для тюркских заимствований «Ага-» (сравните: Агамалов, Агаев). Это указывает на то, что в армянском произношении звук «г» мог быть более твёрдым или фамилия прошла через письменную фиксацию в документах на русском языке, где «г» читается как взрывной звук. Встречается и вариант написания Агамалян, но исходная форма с «х» (Агхамалян) точнее передаёт этимологию. Если разбирать словообразовательную модель глубже, то имя Агхамал — это сложение двух корней, а суффикс -ян просто оформляет его как родовой признак. В русском языке фамилия склоняется по правилам мужского рода: Агхамалян, Агхамаляна, Агхамаляну.