Фамилия Агхамалян — типичный пример армянской фамилии, образованной по самой распространённой в армянской ономастике модели. Суффикс -ян (в диалектных вариантах -янц, -енц) означает принадлежность к роду, происхождение от предка. Аналог русских суффиксов -ов/-ев или -ин. Без этого суффикса основа фамилии — Агхамал.

Корень фамилии восходит к арабскому или персидскому имени Агхамал (или Агамал), которое переводится как «господин богатства» или «владыка имущества». Первая часть — ага (в тюркских и персидских языках — господин, хозяин, старший), вторая — мал (араб. и перс. — имущество, состояние, скот). Таким образом, имя Агхамал было «говорящим»: его давали в надежде на благосостояние или как прозвище состоятельному человеку. В армянской среде это имя, как и многие другие заимствованные из арабского и персидского языков, прижилось благодаря многовековым контактам и торговым связям.

В отличие от русских фамилий, которые часто закреплялись за крестьянами после отмены крепостного права, армянские фамилии на -ян могли возникнуть и у ремесленников, и у купцов, и у духовенства. Носитель фамилии Агхамалян, скорее всего, происходил из семьи, где имя Агхамал передавалось как родовое прозвище. Географически фамилия распространена на территории исторической Армении (современные Армения, Турция, Иран), а также в армянских диаспорах — в России, США, Франции.

Редкость фамилии в том, что в русском языке она сохраняет начальное «Аг-» вместо более привычного для тюркских заимствований «Ага-» (сравните: Агамалов, Агаев). Это указывает на то, что в армянском произношении звук «г» мог быть более твёрдым или фамилия прошла через письменную фиксацию в документах на русском языке, где «г» читается как взрывной звук. Встречается и вариант написания Агамалян, но исходная форма с «х» (Агхамалян) точнее передаёт этимологию.