Фамилия Агнистов — редкий случай, когда в основе лежит церковнославянское слово «агнец» (ягнёнок), которое в русском языке почти вышло из обихода, но прочно ассоциируется с христианским символом «Агнец Божий». Вопреки ожиданию, фамилия образована не напрямую от «агнец» с суффиксом -ов (как Агнцев), а от более редкой формы «Агнист» с помощью суффикса -ов-. Буквально Агнистов — «сын Агниста» или «потомок того, кого прозвали Агнистом».

Прозвище Агнец (или его диалектный вариант Агнист) могли дать человеку кроткого, безобидного нрава. В крестьянской среде не исключали и иронии: так могли назвать упрямца или, наоборот, того, кто слишком легко поддавался чужому влиянию. В любом случае, прозвище возникло от прямого значения слова, а не от фамилии.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Фамилии вроде Агнцев, Агнищев, Агничкин встречаются чаще, а форма на «-стов» указывает на полное прилагательное «агнистов» (как в обороте «агнистов сын»). Это косвенно подтверждает, что исходное прозвище звучало именно как «Агнист» — вариант, бытовавший в диалектах или церковной среде.

Географически фамилия не привязана к одной области: она точечно встречается в центральной России и Поволжье. В дореволюционных метрических книгах носители записаны преимущественно как крестьяне и мещане. Это типично для прозвищных фамилий XVI–XVII веков. Примечательно, что священников среди Агнистовых почти нет, хотя слово «агнец» — из церковного обихода: прозвище давали миряне, а не духовенство.

Известных носителей в истории мало, что объяснимо редкостью корня. Сама фамилия — пример того, как библейский символ переходит в бытовое прозвище, а затем в фамилию, теряя первоначальный сакральный смысл. В современном русском языке слово «агнец» почти не употребляется, поэтому Агнистов звучит книжно и необычно, хотя её носители — люди с самой обычной родословной.