Фамилия Агнистов — редкий случай, когда в основе лежит слово, которое в русском языке почти не употребляется, но хорошо знакомо по церковнославянским текстам. «Агнец» — это ягнёнок, и в христианской традиции это слово стало одним из символов Христа: «Агнец Божий». Фамилия образована от этого корня с помощью суффикса -ов-, который указывает на принадлежность. Соответственно, Агнистов — буквально «сын Агнца» или «потомок того, кого прозвали Агнцем».

Прозвище Агнец могли дать человеку кроткого, безобидного нрава, либо тому, кто вёл себя тихо и покорно, как ягнёнок. Нельзя исключать и ироничного происхождения: в крестьянской среде могли назвать Агнцем упрямца или, наоборот, человека, который слишком легко поддавался чужому влиянию. В любом случае, это прозвище — не от фамилии, а от прямого значения слова.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Агнистов стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Агнцев, Агнищев, Агничкин. Но именно форма на «-стов» встречается реже. Она могла возникнуть из полной формы прилагательного «агнистов» (например, «агнистов сын»), а не из краткой формы «Агнец» + «-ов». Это косвенно указывает на то, что прозвище могло быть не просто «Агнец», а «Агнист» — вариант, который бытовал в диалектах или в церковной среде.

Географически фамилия Агнистов не привязана к какой-то одной области — она встречается точечно, в основном в центральной России и Поволжье. В дореволюционных метрических книгах носители этой фамилии записаны преимущественно как крестьяне и мещане, что типично для прозвищных фамилий, возникших в XVI–XVII веках. Священников среди Агнистовых почти нет, хотя слово «агнец» — из церковного обихода: скорее, прозвище давали миряне, а не духовенство.

Известных носителей фамилии в истории мало, и это объяснимо редкостью корня. Но сама фамилия — хороший пример того, как библейский символ переходит в бытовое прозвище, а затем в фамилию, теряя первоначальный сакральный смысл. В современном русском языке слово «агнец» почти вышло из употребления, поэтому фамилия Агнистов звучит книжно и необычно, хотя её носители — люди с самой обычной родословной.