Фамилия Агниева — редкий случай, когда в основе лежит не крестильное имя, а прямое, почти прозрачное прозвище. Корень «агн-» отсылает к церковнославянскому «агнец» — ягнёнок. В христианской символике это слово прочно связано с образом Христа («Агнец Божий»), но в бытовой, мирской среде XV–XVII веков прозвище Агнец могли дать человеку кроткого, безобидного нрава или, наоборот, с иронией — тому, кто внешне напоминал ягнёнка: кудрявый, с мягкими чертами лица.

Суффикс «-ев» указывает на принадлежность: Агниев — сын Агния. Но здесь важно различие в окончании. Если бы фамилия произошла от имени Агний (редкое мужское календарное имя, от греч. «агнос» — чистый, святой), то форма была бы Агниев. Однако в русской традиции имя Агний встречалось крайне редко, почти исключительно в монашеской среде. Гораздо вероятнее, что основа — прозвище Агней (вариант Агнец) с заменой «ц» на «й» по аналогии с другими прозвищами. Таким образом, Агниев буквально означает «потомок человека по прозвищу Агнец».

Фамилия имеет характерную южнорусскую окраску. Формы с суффиксом «-ев» от основ на мягкий согласный типичны для украинских и белорусских земель, а также для южных областей России (Курская, Воронежская губернии). В северных и центральных регионах чаще встречался бы вариант Агницев или Агнцев — с сохранением твёрдого «ц». Поэтому предки носителей фамилии Агниева, скорее всего, жили на юге, где прозвища и имена бытовали в более «мягком» произношении.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт интересную картину. Агниев стоит в одном ряду с Агнцовым, Агнёвым и Агнеевым. Разница в суффиксе отражает местные говоры: «-ов» добавляли к основам на твёрдый согласный (Агнец — Агнцов), «-ев» — к основам на мягкий (Агней — Агниев). Самая редкая форма — Агнёв — могла возникнуть из прозвища Агнё, где «-ё» указывало на молодое животное (как телёнок — телёночек). Все эти фамилии объединяет один корень и один образ — ягнёнок, но разное географическое происхождение.

Сословный состав предков Агниевых определить сложно. Прозвище Агнец не было дворянским или боярским — таких имён в родословных книгах не зафиксировано. Скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по внешности или характеру, а не по церковному календарю. Встречаемость фамилии крайне низкая, что подтверждает её локальный и относительно поздний характер — большинство таких «прозвищных» фамилий оформилось в XVII–XVIII веках, когда крепостным начали массово давать фамилии по уличным кличкам.