Фамилия Агноков — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа не бросается в глаза, а суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — «сын такого-то». Но вот от какого именно имени или прозвища образована фамилия — вопрос, требующий разбора.

Самая вероятная версия связывает фамилию с личным именем Агнок или Агнак. В русской ономастике встречаются имена, заимствованные из тюркских языков, где корень «аг» (ак) означает «белый», «чистый», «светлый». К нему мог присоединиться суффикс -нык/-ник, образующий прилагательное или прозвище. Таким образом, Агнок могло значить «беловатый», «светлый», «чистый» — возможно, по цвету волос или кожи. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия Агноков имеет параллели в фамилиях Агнаков, Агнаев, которые фиксируются на юге России, в Поволжье и на Северном Кавказе — в зоне активных тюркско-славянских контактов.

Менее вероятно, но допустимо, что основа восходит к греческому имени Агнон (от греч. ἁγνός — «чистый», «святой»), которое могло попасть в русский обиход через церковные календари. Однако это имя встречается крайне редко, и его адаптация в форме Агнок сомнительна: в русской традиции греческие имена обычно не усекались до такого короткого варианта. Поэтому тюркская гипотеза выглядит убедительнее.

Суффикс -ов свидетельствует о том, что фамилия сформировалась в среде, где преобладала именно эта модель — скорее всего, среди служилых людей, крестьян или казаков, а не в дворянской среде, где чаще использовались фамилии на -ский. Географически фамилия Агноков сегодня встречается точечно, в основном в Ставропольском крае и Кабардино-Балкарии, что дополнительно поддерживает версию о тюркском или кавказском следе.

Таким образом, предок носителя фамилии Агноков, скорее всего, получил прозвище по внешнему признаку (светлый, белый) или по имени, которое в свою очередь имело то же значение. Фамилия не массовая, но её корни уходят в зону многовекового смешения языков и культур.