Фамилия Агнцев — редкий случай в русском ономастиконе, где за основу взято слово, напрямую связанное с христианской символикой. В отличие от распространённых «церковных» фамилий вроде Рождественского или Успенского, образованных от названий праздников, Агнцев происходит от существительного «агнец» — ягнёнок, которое в богослужебном контексте обозначает жертву и самого Иисуса Христа («Агнец Божий»).

Словообразовательная модель проста и прозрачна: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»). Агнцев — буквально «сын Агнца» или «человек из рода Агнца». Но здесь ключевой вопрос: кого в реальности, а не в символическом смысле, могли так прозвать? Прямое отождествление человека с Христом в бытовом прозвище маловероятно — это было бы кощунственно для православной среды. Поэтому фамилию, скорее всего, дали не по религиозному сану, а по роду занятий или месту жительства.

Самая логичная версия — прозвище Агнец получил пастух, который пас ягнят, или овцевод. В русских говорах слово «агнец» употреблялось и в прямом, хозяйственном значении, без всякой теологии. Такие «профессиональные» фамилии — частый случай: сравните с Барановым, Овцевым или Телятниковым. Альтернативная, но более слабая гипотеза — связь с именем Агний (от греческого «агнос» — чистый, святой). В церковных святцах есть мученик Агний, но в народном обиходе это имя было крайне редким, а фамилии от него образовывались бы через суффикс -ин (Агнин). Форма Агнцев на -ев говорит именно о прозвищной, а не календарной основе.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам, где овцеводство было развито сильнее, чем на севере. Встречается она крайне редко, и в дореволюционных списках, и в современных телефонных справочниках её носители исчисляются единицами. Это не фамилия духовенства (семинарские фамилии чаще имели окончания -ский или -ин и более книжный вид), а скорее крестьянская или казачья — от прозвища, данного по работе или по характерной черте: например, кроткого, безобидного человека в деревне тоже могли назвать Агнцем.