Фамилия Аганцев — редкая, и её корень не лежит на поверхности. Самый надёжный способ разобраться — начать с суффикса. Модель «-ев» даёт притяжательное значение: Аганцев — это сын или потомок человека по имени или прозвищу Аганец. Основа «Аган-» — народная, диалектная переделка крестильных имён Агапий (от греческого «агапе» — любовь) или Агафон (от «агатос» — добрый). В живой речи такие имена укорачивали: Агап превращался в Агана, Агафон — в Аганю. Суффикс «-ец» мог добавиться в значении «уроженец» или «носитель признака»: Аганец — человек, связанный с именем Аган.

Существует и тюркская версия, хотя она менее вероятна. В некоторых тюркских языках «аган» означает «течение», «поток» или «река». Тогда Аганец — прозвище человека, жившего у воды или быстрого в движениях. Однако для русской фамильной системы типичнее именно крестильное имя в народной обработке, а не заимствованное прозвище.

Географически фамилия Аганцев встречается в основном в центральной России и Поволжье. Это косвенно подтверждает версию с православным именем: в этих регионах была сильна традиция переделывать календарные имена на местный лад. Встречаются варианты написания Агонцев и Аганцов — они возникали из-за акающего произношения, когда «а» звучало вместо «о» в безударной позиции, и из-за неустойчивости суффикса.

Социальный контекст прост: фамилия недворянская, скорее крестьянская или мещанская. Предки Аганцевых, скорее всего, были обычными людьми, получившими фамилию по имени отца или деда. Громких исторических сюжетов за ней не числится — как и за большинством русских фамилий, которые остаются бытовыми и непритязательными.