Фамилия Агданцев — редкая, и её разбор требует осторожности: корень неочевиден, а готовая модель подсказывает, где искать. Перед нами типичная «географическая» фамилия на -цев, образованная от названия села или деревни. Суффикс -цев указывает на выходца из определённого места: Агданцев — тот, кто родом из Агданцева или Агданца. Таких топонимов на карте России сегодня нет, но они могли исчезнуть, либо название изменилось до неузнаваемости.

Основа «Агдан-» не имеет славянских корней. Вероятнее всего, это тюркское или кавказское имя или прозвище. В тюркских языках «аг» (ak) означает «белый», «чистый», а «дан» может быть частью имени или означать «слава» (ср. Агдан — гипотетическое сложение). Такую фамилию могли получить переселенцы с южных рубежей — из районов смешанного русского и тюркского населения, например, из бывшей Астраханской губернии, Ставрополья или Терской области. Там фамилии на -цев, образованные от местных названий, не редкость.

Менее вероятна, но возможна версия от прозвища Агданец — человека, связанного с каким-либо местным обычаем или ремеслом, но без зафиксированного нарицательного слова «агдан» в русских говорах эта гипотеза остаётся гадательной. Словообразовательная модель (суффикс -ев, а не -ин) говорит о том, что основа оканчивалась на согласный или «й»: Агдан → Агданцев.

В дореволюционных документах фамилия встречается крайне редко. Основной ареал — юг России, возможно, с единичными выходами в казачьи области. Сословно носители, скорее всего, были государственными крестьянами или однодворцами — теми, кто жил на окраинах и часто контактировал с инородческим населением. Никаких знаменитых Агданцевых в истории нет, что для столь редкой фамилии естественно. Если хотите докопаться до корня, ищите на картах XVIII–XIX веков селения с названием, похожим на Агданка, Агданово, Агдан — и тогда география укажет точное происхождение.