Фамилия Аганцева — женская форма, её мужской вариант Аганцев. В основе лежит редкое тюркское имя Аган. Оно могло быть вариантом имени Агахан («господин-хан») или Аганды («счастливый, довольный»). В тюркских языках корень «аг» означает «белый», «чистый», «благородный», так что имя Аган могло указывать на знатное происхождение или светлую внешность.

Словообразовательная модель простая: к основе Аган добавили суффикс -ев. Выбрали именно -ев, а не -ов, потому что основа оканчивается на мягкий согласный «н». Фамилия относительно редкая, не входит в число массовых русских фамилий. Встречается преимущественно в южных регионах России: Ростовской области и Краснодарском крае, где исторически сильны тюркские влияния.

Интересная деталь: в некоторых говорах фамилию записывали через «о» — Оганцев. Это объясняется аканьем: в диалектах безударное «а» произносили как «о». В документах XIX века встречаются оба варианта, но современная орфография закрепила форму Аганцев.

Поскольку фамилия образована от личного имени, а не от прозвища по ремеслу или внешности, предки носителей, скорее всего, получили это имя при рождении. В среде казачества и крестьянства юга России тюркские имена не были редкостью. Аганцев мог быть потомком выходца из тюркской среды, принявшего православие, или русским, которому дали такое имя в память о соседях-кочевниках.