Фамилия Аганцева — женская форма, а её мужской вариант Аганцев. В основе фамилии лежит редкое тюркское имя Аган, которое могло быть вариантом имени Агахан (господин-хан) или Аганды (счастливый, довольный). В языках тюркской группы корень «аг» часто означает «белый», «чистый», «благородный», так что имя Аган могло указывать на знатное происхождение или светлую внешность.

Словообразовательная модель здесь простая: к основе Аган добавили суффикс -ев, типичный для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий или шипящий согласный — в данном случае на «н». Фамилия Аганцев (и Аганцева, соответственно) — относительно редкая, она не входит в число массовых русских фамилий и встречается преимущественно в южных регионах России, особенно в Ростовской области и Краснодарском крае, где исторически сильны тюркские влияния.

Интересная деталь: в некоторых говорах фамилию могли записывать через «о» — Оганцев. Это объясняется аканьем — произношением безударного «а» как «о» в некоторых диалектах. В документах XIX века можно встретить оба варианта, но современная орфография закрепила форму Аганцев.

Поскольку фамилия образована от личного имени, а не от прозвища по ремеслу или внешности, предки носителей фамилии, скорее всего, были людьми, получившими это имя при рождении. В среде казачества и крестьянства юга России тюркские имена не были редкостью, и Аганцев мог быть потомком выходца из тюркской среды, принявшего православие, или же русским, которому дали такое имя в память о соседях-кочевниках.