Фамилия Агофанов — редкий пример того, как стандартная русская модель образования столкнулась с нерусской основой и дала неожиданный результат. Суффикс -ов здесь однозначно указывает на отчество или прозвище, а вот основа «Агофан» — главный источник споров.

Самая убедительная версия связывает Агофанова с греческим именем Агафангел (Ἀγαθάγγελος), то есть «благой вестник» или «добрый ангел». Имя было популярно среди православного духовенства и греческих переселенцев на юге России. В просторечии сложное имя неизбежно сокращалось: сначала до Агафон, а от него пошли привычные Агафоновы. Но в фамилии Агофанов произошла дополнительная редукция: под влиянием акающих говоров гласный в начале слова ослаб, и «Агафон» превратился в «Агофан». Звук «ф» сохранился, а безударная «а» после «г» перешла в «о». Так имя, которое носил предок, закрепилось в документах в усечённом виде.

Менее убедительна тюркская гипотеза, где «аго» или «агу» трактуют как «господин», а «фан» — как искажённое арабское «фан» (искусство, мастерство). Она слаба хотя бы потому, что для тюркских фамилий нехарактерен суффикс -ов: форма на -ов — это чисто русская адаптация, а значит, исходное прозвище или имя уже бытовало в русской среде, а не пришло напрямую из тюркского.

География фамилии — Поволжье (Татарстан, Самарская область) и юг России (Краснодарский край, Ростовская область) — косвенно подтверждает греческую версию. Именно в этих регионах исторически селились греки и выходцы из Причерноморья, и их имена часто адаптировались местным населением.

Социальный контекст: если предок носил имя Агафон или Агафангел, он мог быть священником (имя часто давали в церковной среде), но чаще — крестьянином или мещанином, получившим имя по святцам. В дворянских родословных книгах фамилия не фиксировалась, так что Агофановы — скорее всего, потомки крестьян или однодворцев, у которых имя Агафон было распространено, а в документах его записали с ошибкой или в местном произношении.