Фамилия Агратина — редкая и неочевидная по происхождению. В ней нет привычного суффикса -ов или -ин, который сразу указывал бы на отчество. Окончание -а выдает женскую форму, а значит, перед нами скорее всего фамилия, закрепившаяся за женщиной или переданная по материнской линии. В русской традиции такие фамилии встречаются реже, но вполне закономерны: например, в семьях, где мужчина был пришлым или рано умер, детей могли записать по матери.

Самая вероятная версия — связь с именем Аграфена. В разговорной речи это имя сокращали до Аграша, Аграня, а в некоторых говорах — до Аграта. Суффикс -ин в фамилии Агратина указывает на принадлежность: «чей?» — Агратин, то есть сын или дочь Аграты (Аграфены). Таким образом, основа фамилии — женское имя, что сразу выделяет её среди типичных «отцовских» фамилий.

Менее вероятный, но допустимый вариант — происхождение от прозвища. В южнорусских и украинских говорах слово «аграт» или «агратий» могло означать нечто резкое, колючее (сравните с диалектным «аграч» — ежевика или терновник). Тогда Агратиной могли назвать колкую, язвительную женщину. Однако эта версия слабее: в письменных источниках такое прозвище не зафиксировано, а имя Аграфена было повсеместно распространено.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине. Встречается в Воронежской, Ростовской областях, а также на Кубани — как раз в тех местах, где имя Аграфена было особенно популярно среди крестьянок. В дворянской среде эта фамилия не отмечена: её носителями были, скорее всего, крестьяне или мещане, у которых фамилии оформились поздно, уже после отмены крепостного права.

С точки зрения словообразования, фамилия Агратина стоит в ряду таких же «материнских» фамилий, как Марьин, Натальин, Дарьин. Но если те образованы от полных имён, то Агратина — от уменьшительной формы, что говорит о бытовом, неофициальном происхождении. В документах XIX века её могли записать со слуха, и потому возможны варианты написания: Агратина, Огратина, Агратина (с одним «т»). Современное написание с «А» и двойным «т» — скорее всего, результат унификации при паспортизации.