Фамилия Агратина не подчиняется привычной схеме, где суффикс «-ов» сразу выдает отчество. Её окончание «-а» — явный признак женской формы, а значит, фамилия закрепилась по материнской линии. В русской традиции такие случаи встречаются реже, но они закономерны: детей могли записать по матери, если отец был пришлым, рано умер или не участвовал в воспитании.

Самая убедительная версия связывает фамилию с именем Аграфена. В разговорной речи его сокращали до Аграша, Аграня, а в некоторых говорах — до Аграта. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Агратин, то есть сын или дочь Аграты (Аграфены). Перед нами не типичная «отцовская» фамилия, а «материнская», что сразу выделяет её из общего ряда. Если Марьин или Натальин образованы от полных имён, то Агратина — от уменьшительной формы, что говорит о бытовом, неофициальном происхождении.

Менее вероятный, но допустимый вариант — прозвищное происхождение. В южнорусских и украинских говорах слово «аграт» или «агратий» могло означать нечто резкое, колючее (сравните с диалектным «аграч» — ежевика или терновник). Тогда Агратиной могли назвать колкую, язвительную женщину. Однако эта версия слабее: в письменных источниках такое прозвище не зафиксировано, а имя Аграфена было повсеместно распространено.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине. Встречается в Воронежской, Ростовской областях, а также на Кубани — как раз в тех местах, где имя Аграфена было особенно популярно среди крестьянок. В дворянской среде эта фамилия не отмечена: её носителями были, скорее всего, крестьяне или мещане, у которых фамилии оформились поздно, уже после отмены крепостного права.

При паспортизации XIX века фамилию могли записать со слуха, отсюда возможные варианты: Огратина, Агратина с одним «т». Современное написание с «А» и двойным «т» — результат унификации. Разбирая фамилию, мы видим не просто имя предка, а целый социальный срез: позднее оформление, связь с женской линией и народной формой имени, которая была в ходу у простых людей, а не в официальных бумагах.