Фамилия Агуповы происходит от личного имени Агуп. Скорее всего, это диалектная, упрощённая форма древнего библейского имени Иаков (Яков). В восточной, тюркской среде это имя звучало как Ягкуп, Джакуп или Джагып. От одного из таких произносительных вариантов — Агуп — и образовалась фамилия.

Значение имени Иаков (Якуб) — «идущий следом», «сопровождающий». В Библии это имя носил патриарх, родоначальник двенадцати колен Израилевых. Таким образом, в основе фамилии Агупов лежит не прозвище и не профессия, а крестильное имя, адаптированное к звучанию в тюркских языках.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Агуп добавили патронимический суффикс -ов. Он указывает на принадлежность: «сын Агупа». Со временем это отчество закрепилось как фамилия — Агуповы.

Встречается фамилия в основном в регионах с давними русско-тюркскими контактами — в Поволжье, на Урале, в Оренбуржье. Появление таких фамилий связано с тем, что крещёные татары, башкиры и представители других народов принимали православие, а их имена записывались в церковные книги в привычной для местного населения форме. Агуп — как раз пример такого бытового, «огрублённого» звучания библейского имени.

Ударение в фамилии плавающее: в разных семьях говорят и Агýповы, и Áгуповы. Второй вариант, с ударением на первый слог, встречается чаще и больше соответствует логике русского произношения фамилий на -ов.

Точное время возникновения фамилии назвать сложно: процесс шёл постепенно, и в разных местностях — с разной скоростью. Но в целом фамилия Агуповы — пример того, как восточное имя органично встроилось в русскую фамильную систему, сохранив при этом память о своих корнях.