Фамилия Агупов — одна из тех русских фамилий, в которых за простым звучанием скрывается сложный путь через языки и культуры. Её основа — личное имя Агуп, которое, скорее всего, является диалектной или народной формой библейского имени Иаков (в европейской традиции — Яков, в арабском мире — Якуб).

Разберём этот переход подробнее. Имя Якуб, известное по Корану и Ветхому Завету, в тюркской среде звучало иначе: старотатарские диалекты сохранили формы Ягкуп, Джакуп или Джагып. В русских говорах, особенно в регионах активного контакта с татарским населением, это имя могло упроститься до Агуп — через отпадение начального согласного (явление, нередкое при заимствовании). Смысл исходного имени — «сопутствующий», «следующий по пятам» — отсылает к библейскому сюжету: Иаков родился, держась за пятку брата-близнеца Исава.

Фамилия образована по стандартной русской патронимической модели: суффикс -ов добавляется к основе имени, отвечая на вопрос «чей?» (чей сын? — Агупов). Это указывает на то, что предком носителя фамилии был человек по имени Агуп. Он мог быть крещёным татарином или русским, в семье которого закрепилась диалектная форма имени. Поскольку имя Яков (Иаков) было одним из самых распространённых в святцах, его народные варианты дали жизнь множеству фамилий — от Яковлева до Акулова. Агупов стоит в этом ряду как более редкий, регионально окрашенный вариант.

В отличие от прямых заимствований из арабского или древнееврейского, эта фамилия — продукт живого бытового произношения. Она не говорит напрямую о национальности предка, но указывает на среду, где тюркская огласовка библейского имени вошла в обиход. Потомок человека, которого в деревне звали Агуп, со временем и получил фамилию Агупов — без дополнительных изменений, по самому ходовому для русских фамилий принципу.