Фамилия Агунов — одна из тех, где внешне простая русская форма скрывает неочевидную основу. В отличие от фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), здесь за основой приходится обращаться к тюркским языкам. Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель: «чей?» — сын Агуна. Вопрос в том, что значило само имя или прозвище Агун.

Самая убедительная версия выводит фамилию из тюркского корня. В тюркских языках «агун» (варианты «агын», «акун») означает «поток», «стремительное течение», «быстрый». Такое прозвище могли дать человеку порывистому, стремительному в движениях или, по более приземлённой версии, тому, кто жил у бурной реки. Этот корень естественен для южнорусских и поволжских регионов, где веками было сильно татарское и башкирское влияние. Менее распространённая гипотеза связывает фамилию с арабским именем Агун (вариант Ахун) — «наставник», «проповедник». В этом случае фамилия могла закрепиться у потомков служителей ислама, перешедших в православие или живших в смешанной среде. Но эта версия слабее: форма Агун в русских документах встречается реже прозвищной, и лингвистическая цепочка здесь менее прозрачна.

География фамилии подтверждает тюркскую версию. Агуновы встречаются в двух основных зонах: на Северном Кавказе (особенно у кумыков и ногайцев в Дагестане и Чечне) и в центральной России, например в Нижегородской области. Второй очаг — след давних миграций служилых татар, которые получали земли в центральных уездах. Сословно Агуновы, скорее всего, были крестьянами или однодворцами, но часть рода могла относиться к казачеству.

Таким образом, фамилия Агунов — наглядный пример того, как русская словообразовательная модель наложилась на тюркское прозвище. Носителю фамилии стоит искать корни предков в зонах активного русско-тюркского пограничья XVI–XVIII веков, а не в славянских именах.