Фамилия Агунов — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов, образованных от очевидных крестильных имён (Иванов, Петров), Агунов заставляет задуматься об основе. Скорее всего, в её основе лежит неканоническое имя или прозвище Агун.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В тюркском «агун» (варианты «агын», «акун») могло означать «поток», «стремительный», «течение». Прозвище Агун могли дать быстрому, порывистому человеку или тому, кто жил у бурной реки. Для южнорусских и поволжских регионов, где было сильно татарское и башкирское влияние, такой корень естественен. Суффикс -ов указывает на русскую модель фамилии: «чей?» — сын Агуна.

Вторая, менее распространённая версия, — происхождение от арабского имени Агун (вариант Ахун), что значит «наставник», «проповедник». В этом случае фамилия могла закрепиться у потомков служителей ислама, которые перешли в православие или жили в смешанной среде. Но эта гипотеза слабее, так как форма Агун в русских документах встречается реже, чем прозвищная.

Интересно, что фамилия Агунов встречается в основном в двух географических точках: на Северном Кавказе (особенно в Дагестане и Чечне, где есть кумыкские и ногайские корни) и в центральной России (например, в Нижегородской области). Второй вариант может быть связан с давними миграциями служилых татар, которые получали земли в центральных уездах. Сословно Агуновы, скорее всего, были крестьянами или однодворцами, но не исключено, что часть рода относилась к казачеству.

Таким образом, фамилия Агунов — яркий пример того, как русская модель (суффикс -ов) наложилась на тюркское прозвище. Носителю фамилии стоит искать корни предков в зонах активного русско-тюркского пограничья XVI–XVIII веков.