Фамилия Агунова — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. Её основа, «Агун», не встречается в крестильных святцах, поэтому перед нами не церковное имя, а либо прозвище, либо адаптация иноязычного слова. Написание с ударением, вероятнее всего, на второй слог — АгУнова, хотя в быту возможны варианты.

Самый прямой путь — связать фамилию с тюркскими языками, где слово «агун» или «агун» могло означать «поток», «река» или «белый» (от «ак» — белый). В этом случае прозвище Агун давали человеку, жившему у воды, либо с очень светлыми волосами или кожей. Такая модель образования характерна для южных и восточных регионов России, где русские фамилии часто возникали на стыке с татарской, башкирской или кавказской ономастикой.

Менее вероятная, но допустимая версия — от глагола «агать» (кричать, аукать) в диалектах. Тогда «Агун» — тот, кто громко зовёт, перекликается. Однако эта гипотеза слабая: суффикс «-ун» в русских прозвищах (крикун, бегун) обычно образует имена деятеля, но слово «агун» в этом значении не зафиксировано в словарях.

Суффикс «-ов» указывает на принадлежность: сын Агуна. Социально фамилия могла принадлежать и крестьянам, и казакам, и служилым людям, так как тюркские корни в русских фамилиях не привязаны к одному сословию. Встречаемость фамилии крайне низкая, в основном на юге России и в Поволжье, что подтверждает её региональный характер.

Для сравнения: однокоренная фамилия Агунов (мужской вариант) также редка, а Агунович — белорусская форма, указывающая на другую модель образования. Таким образом, Агунова — фамилия с тюркским следом, скорее всего, от прозвища по месту жительства или внешности.