Фамилия Айгунова — женская форма фамилии Айгунов, и её происхождение напрямую связано с мужским именем или прозвищем Айгун. В основе фамилии лежит тюркское слово «ай» — луна, месяц. Вторая часть — «гун» — может означать «день» или «солнце» (в древнетюркском «кюн»). Таким образом, Айгун переводится как «лунный день» или «лунное солнце» — образное, поэтичное имя, которое могли дать ребёнку, родившемуся в ясную лунную ночь или в день новолуния.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов/-ев, который указывает на принадлежность: Айгунов — сын Айгуна. Встречается она преимущественно у народов Поволжья и Урала: у татар, башкир, а также у народов Кавказа, где тюркские имена были распространены. В русской среде фамилия редкая, что говорит о её чёткой этнической привязке.

Можно предположить, что предок носительницы фамилии был человеком, получившим имя Айгун не по святцам, а по мирскому обычаю. В тюркской традиции такие имена давали с пожеланием красоты и света, сравнивая ребёнка с луной. Интересно, что суффикс -гун в имени может также указывать на оттенок или подобие: «похожий на луну», «луноподобный». В этом случае имя подчёркивало внешние черты — бледную кожу или светлые волосы, что было редкостью в южных регионах.

Споров вокруг этимологии почти нет: тюркское происхождение фамилии очевидно. Редкие альтернативные версии выводят корень из арабского «айн» (глаз, источник), но это маловероятно — суффикс -гун чисто тюркский. В документах фамилия могла писаться по-разному: Айгунов, Айгунова, а в дореволюционных записях — через «о» или «а» в окончании, но основа оставалась неизменной. Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или мещанским: фамилия не дворянская, не искусственная, а бытовая, возникшая естественным путём в среде тюркоязычного населения.