Фамилия Аигина — редкий пример, где история рода известна лучше, чем этимология самой основы. В архивных источниках прослеживается судьба Аигиных как семейства лесопромышленников. Первые известные носители фамилии были крепостными крестьянами в селе Талицы Московской губернии. Однако к концу XVIII века Аигины сумели выкупить усадьбу Гагариных в селе Богословское-Могильцы — неординарный социальный скачок для бывших крепостных.

Разбирать фамилию стоит с суффикса. Форма Аигина — женский вариант, а мужской, Аигин, образован по стандартной русской модели притяжательных прилагательных с суффиксом -ин. Такая модель типична для фамилий, созданных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. Основа здесь — прозвище Аига.

Происхождение прозвища Аига спорно, и обе версии имеют право на существование. Первая, более вероятная по географическому соседству, указывает на финно-угорские корни. Карельское слово aiga означает «хороший», «значительный». Прозвище могли дать доброму и отзывчивому человеку. Вторая гипотеза, менее очевидная для подмосковного крестьянского рода, возводит Аигу к средневерхненемецкому aigen — «собственник», «владелец». В пользу этой версии говорит последующая история: Аигины действительно стали владельцами имения и крупными лесопромышленниками. Однако язык-источник (немецкий) и социальный контекст (крепостные крестьяне) делают её менее правдоподобной: вряд ли прозвище «собственник» дали человеку, который сам был чужой собственностью. Скорее всего, значение «хороший» первично, а совпадение с деловой хваткой рода — просто историческая ирония.