Фамилия Айгинина — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все остальные версии. В основе лежит топоним Айгинино — название деревни, которая существовала в Архангельской области, в бассейне реки Пинеги. В документах XVII века упоминается «деревня Айгинина на речке на Выи», и жители таких мест получали фамилию по названию места жительства. Суффикс -ин здесь стандартный для русского языка: Айгинин — «чей?» — человек из Айгинина. Женская форма Айгинина образована по той же модели (дочь или жена Айгинина).

Корень айгин- не имеет очевидного славянского значения. Скорее всего, это финно-угорское или саамское название, переработанное русскими переселенцами. На Русском Севере много топонимов с основой «айг-» или «ойг-», которые восходят к прибалтийско-финским языкам, где, например, «oja» означает «ручей» или «канава». Вторая часть могла быть -ин(а) как русское окончание, либо -йгини — искажённое финское слово. Прямых параллелей в современных языках нет, но логика ясна: речка или ручей дали имя деревне, а деревня — фамилию.

Есть и более простая версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Айгина, которое, в свою очередь, образовано от глагола «айкать» (кричать, аукать) или звукоподражательного «ай». Но эта гипотеза слабее, потому что прозвище «Айгина» нигде не зафиксировано, а вот деревня Айгинина — реальный исторический объект. Вероятность того, что носители фамилии происходят из одного гнезда на Пинеге, очень высока.

Фамилия редкая, в современных телефонных справочниках встречается единично, в основном в Архангельской области и у потомков северных переселенцев в других регионах. По социальному составу предки — скорее всего, государственные крестьяне или черносошные (свободные, не крепостные) крестьяне Русского Севера, которые жили в той самой деревне. Никаких дворянских корней или известных исторических личностей с этой фамилией не обнаружено — это чисто народная, локальная фамилия, сохранившая память о забытом поселении.