Фамилия Айкина хранит в себе несколько возможных тюркских корней. В основе лежит мужское имя Айка, которое состоит из корня «ай» (луна) и уменьшительно-ласкательного суффикса –ка. Дословно имя Айка переводится как «маленькая луна». В тюркском шаманизме Луна почиталась как отец, а Солнце — как мать, и это небесное светило имело особый сакральный смысл. В исламе, который также распространён среди тюркских народов, луна играет ключевую роль: мусульманский календарь лунный, и начало каждого месяца определяли по появлению на небе молодого серпа.

Менее вероятная версия связывает фамилию с женским именем Айка, которое является просторечной формой мусульманского имени Айгуль («лунный цветок»). Если родители нарекали девочку таким именем, они желали ей красоты и счастья. В любом случае, суффикс –ин указывает на принадлежность: Айкины — потомки человека по имени Айка.

Сведения о представителях рода встречаются в архивных документах. В Книге памяти Республики Татарстан записан Айкин Андрей Константинович, 1879 года рождения, из Чистопольского кантона. А в Книге памяти Алтайского края упоминается русский священник Айкин Андриан Васильевич, родившийся в 1879 году в Томской губернии. Разброс географии — от Поволжья до Сибири — говорит о том, что носители фамилии были не только среди татар, но и среди русского духовенства, что делает историю фамилии неоднозначной и требующей отдельного изучения по каждой ветви рода.