Фамилия Аикова — редкий пример фамилии, образованной от армянского личного имени Аик (вариант имени Айк). В основе лежит имя легендарного прародителя армянского народа — Айка (Хайка, Гаоса), которое переводится как «рассвет». Таким образом, исходное значение фамилии — «из рода Аика», «потомок Аика». Окончание -ов указывает на русскую модель фамильного суффикса, который добавлялся к иноязычным основам при русификации (по аналогии с фамилиями Иванов, Петров). Менее вероятна версия, возводящая основу к тюркскому слову «аек» («трезвый», «здравый»), — она слабее, поскольку не объясняет распространённость имени Айк в армянской антропонимике. Фамилия Аикова, как и другие фамилии на -ов, исторически означала принадлежность к определённому роду или клану (в армянской традиции это понятие передаётся словом «азганун» — «имя клана»). Точное место и время возникновения фамилии установить сложно: процесс русификации армянских фамилий шёл неравномерно, и окончательные выводы требуют глубоких генеалогических изысканий.