Фамилия Аиков — редкий пример того, как русская модель оформления фамилии (суффикс -ов) соединилась с иноязычной основой. По своему происхождению это типичная фамилия-патроним: суффикс -ов в русском языке указывает на принадлежность («чей?» — Аиков, то есть «сын Аика»). Основа же, имя Аик, — не славянская, а армянская.

В армянской традиции имя Аик — это вариант имени Айк (Гайк, Хайк). Слово «айк» переводится как «рассвет». В армянской мифологии Айк — легендарный прародитель армянского народа, герой-великан, который, по преданию, восстал против ассирийского царя Бела. Соответственно, фамилия Аиков в исходном значении — «из рода Аика», то есть потомок человека с этим именем. Стоит отметить, что в армянской среде фамилии обычно образуются с помощью суффиксов -ян/-янц, поэтому форма Аиков — результат адаптации армянского имени к русской грамматике, что характерно для регионов со смешанным населением или для потомков, переехавших в русскоязычную среду.

Существует и менее вероятная версия: связь с тюркским корнем «аек» — «трезвый», «здравый». Однако эта гипотеза слабее, так как имя Айк (Гайк) широко распространено именно в армянской ономастике, а тюркские параллели не дают ни устойчивого имени, ни прозвища с таким корнем, которое породило бы патроним. Таким образом, армянское происхождение фамилии Аиков — основное и наиболее правдоподобное.