Фамилия Аисен — редкая и необычная для русского уха, и её разговор стоит начать не с корня, а с необычной словообразовательной модели. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, Аисен не имеет типичного славянского суффикса (-ов, -ев, -ин). Это «чистый» патроним, где показатель родства присоединён прямо к основе прозвища, без промежуточных формантов. Такие фамилии — живое свидетельство давних контактов русских с финно-угорскими народами.

Происхождение фамилии напрямую связано с финно-угорскими языками, а точнее — с коми или карельским наречием. Основа фамилии — слово «ай» (в коми-зырянском — «отец», «старший мужчина в роду») или «айя» (в карельском — «отец», «дед»). Суффикс «-сен» — это типичный для прибалтийско-финских фамилий патронимический показатель, аналог русского «-ов» или «-ин». Таким образом, Аисен дословно означает «сын Айо» или «потомок отца», то есть «отцов сын». В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён, эта фамилия закрепилась за человеком по его родовому прозвищу, которое подчёркивало старшинство в семье или уважение к предку.

Географически фамилия привязана к северо-западу России — к Республике Коми, Карелии, а также к Архангельской области, где издавна живут коми-зыряне и карелы. В метрических книгах XIX века Аисены встречаются в основном среди государственных крестьян и охотников-промысловиков. Интересно, что из-за особенностей местных говоров фамилия могла записываться по-разному: Айсен, Айсин, Айсов. Вариант «Аисен» с гласной «и» в корне — результат адаптации к русскому письму, где сочетание «ай» часто передавали как «аи».

Есть и другая, менее вероятная версия: что фамилия восходит к тюркскому мужскому имени Айсен (Айсен), где «ай» — «луна», а «сен» — «ты» (как в татарском «Айсылу»). Но против этого говорит ареал распространения: в татарских и башкирских селениях фамилия Аисен почти не фиксируется, тогда как на Севере она встречается пусть и редко, но устойчиво. Сегодня носители фамилии Аисен живут в основном в Карелии, Ленинградской области и в Москве, но корни её уходят в глухие северные деревни, где ценилось уважение к старшему поколению.