Фамилия Акгубаева — яркий пример фамилии тюркского происхождения, где корни уходят в доисламские верования и прозвищные имена. Её основа — сложное слово «Акгуба» или «Ак-Губа», состоящее из двух частей: «ак» (белый, чистый, светлый) и «губа» (в тюркских языках — бледный, сероватый, седой, иногда «полынь» или «плесень»). В буквальном переводе прозвище могло означать «белёсый», «светло-серый» — так называли человека со светлыми волосами или бледной кожей, что на Востоке было редкой и заметной чертой.

Словообразовательная модель проста и типична для тюркских фамилий, русифицированных через суффикс принадлежности. К основе «Акгуба» добавили аффикс «-ев/-ева», который в русской традиции указывает на «сына» или «дочь» (по аналогии с Иванов — сын Ивана). Форма Акгубаева — женская, мужской вариант — Акгубаев. Суффикс «-ев» здесь заместил исконный тюркский патронимический суффикс (-лы, -улы, -кызы), который в документах Российской империи заменяли на привычный русскому уху.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где смешивались тюркские народы и русское население: Башкортостан, Татарстан, Оренбургская и Челябинская области. Встречается она и у казахов, но реже — там чаще сохраняют форму Акгуба без суффикса. Интересная деталь: слово «губа» в ряде тюркских диалектов также означало «нарост» или «шишка», поэтому не исключено, что прозвище дали человеку с родимым пятном или особенностью кожи, которую описывали как «белую шишку». Однако версия с «белёсым» цветом волос считается более распространённой и правдоподобной среди ономастов.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были из крестьян или служилых людей (казаков, тептярей), так как сложные имена-прозвища среди знати встречались реже — там предпочитали арабские или персидские заимствования. В XX веке фамилия закрепилась окончательно, и сегодня её обладатели живут по всей России, хотя наибольшая концентрация остаётся на Южном Урале.