Фамилия Агубаева — женская форма фамилии Агубаев, и её происхождение почти наверняка ведёт в тюркский мир. Основа «аг» (ак) в тюркских языках означает «белый», а «уба» — слово с несколькими значениями, чаще всего «холм», «курган» или «возвышенность». Таким образом, Агубай — это сложное имя или прозвище, которое могло означать «белый холм» или «светлый курган». В переносном смысле так могли назвать человека со светлыми волосами или кожей, либо того, кто жил у заметного белого холма.

Суффикс -ев в фамилии Агубаев (а значит, и в Агубаева) указывает на русскую модель образования от тюркского имени или прозвища. В русской ономастике фамилии на -ев/-ов чаще всего получали люди, чей предок носил имя или прозвище, оканчивающееся на -й: Агубай → Агубаев. Это типичный случай для фамилий, возникших на стыке культур, особенно в регионах Поволжья, Урала или Северного Кавказа, где тюркские имена адаптировались к русской грамматике.

С точки зрения географии, фамилия Агубаева (и Агубаев) встречается преимущественно среди карачаевцев, балкарцев, а также у кумыков и ногайцев. В этих языках имя Агубай (или Акъубай) известно как личное имя, где «акъ» — «белый», а «убай» — устаревшее слово, родственное «ува» или «оба», что значит «род», «племя» или «дом». В таком случае Агубай — «белый род» или «светлое племя», то есть имя-пожелание чистоты и знатности рода.

Интересная деталь: в балкарском языке слово «уба» также может означать «могила» или «курган», поэтому существует версия, что Агубай — это прозвище человека, жившего у «белой могилы» (старинного кургана). Однако ономасты чаще склоняются к «светлому роду» как к более вероятному объяснению, поскольку имена-пожелания распространены в тюркской традиции гораздо шире, чем топонимические прозвища.

Социальный контекст: фамилия Агубаева не относится к дворянским или княжеским, но и не является крестьянской в уничижительном смысле. В горских обществах Кавказа имена типа Агубай носили уважаемые люди, часто старейшины или воины, а сама фамилия закрепилась в XIX веке при массовом учёте населения Российской империи. Таким образом, предки носителей фамилии Агубаева были, скорее всего, свободными общинниками, а не крепостными, что уже само по себе говорит об их социальном статусе.