Фамилия Агубеева — редкий случай, когда географический след говорит громче, чем очевидная морфология. Если отбросить суффикс -ев (указывающий на принадлежность к роду по отцу: «чей?» — Агубеев), остаётся основа Агубей. Именно она — ключ к происхождению.

Скорее всего, перед нами фамилия адыгского (черкесского) или осетинского корня. В адыгских языках есть мужское имя Агубеч или Агубей, где «агъу» может означать «злой», «гневный», а «бей» — князь или господин. Имя с таким значением (что-то вроде «грозный князь») давали в знак уважения или как оберег. В осетинском языке встречается фамилия Агубеев (Агубегаты) с той же основой, что связывают с тюркским «агъа» — «старший», «господин». Фонетически форма Агубеева — русская передача кавказского имени через суффикс -ев, характерный для русификации нерусских фамилий.

Искать корни стоит на Северном Кавказе — в Кабардино-Балкарии, Карачаево-Черкесии или Северной Осетии. Массового распространения у фамилии нет, что типично для локальных родовых имён, которые не выходили за пределы одного аула или ущелья. В дореволюционных метрических книгах Агубеевы почти не встречаются за пределами Кавказа, а в советское время фамилия могла появиться в других регионах из-за переселений.

Версия о славянском происхождении (например, от прозвища Агубей — «обжора» или «крикун») маловероятна: в русских говорах нет такой основы, а суффикс -ей в прозвищах редок. Поэтому однозначно: Агубеева — фамилия кавказского происхождения, образованная от личного имени с аристократическим оттенком. Предки носителя, скорее всего, были уважаемыми людьми в своём роду, возможно, старейшинами или воинами.