Фамилия Агубеков имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Агубеков уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Агубеков являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Агубеков образована от имени Агубек, которое является диалектным вариантом восточного мужского имени Агабек. Первая из них - Ага – имеет значение «старший». Вторая - Бек — в переводе с арабского на русский язык означает «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». Исходя из этого, имя Агабек имеет значение «самый главный». Вероятно, родители, нарекая ребенка таким именем, желали своему сыну достойного будущего и больших успехов в карьере. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Агубеков способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Агубеков представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.