Фамилия Агабеков имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Агабеков уходит в XV-XVII вв. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Агабеков способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Фамилия Агабеков образована от тюркско-татарского имени Агабек, которое восходит к двум основам: «ага» - «старший» и «бек» - «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Агабеков являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Тем не менее, фамилия Агабеков представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.