Фамилия Агабеков образована от тюркско-татарского имени Агабек, которое восходит к двум основам: «ага» — «старший» и «бек» — «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». Это не просто механическое сложение слов, а титульная формула, которая в дореволюционных обществах Кавказа и Средней Азии указывала на знатное происхождение или высокое положение. «Ага» подчеркивало старшинство и авторитет, «бек» — принадлежность к военно-феодальной элите. Составное имя Агабек, таким образом, означало «старший бек» или «господин-повелитель».

Фамилия сформировалась по русской патронимической модели: к основе имени добавили суффикс -ов, который отвечает на вопрос «чей?». В результате Агабеков — буквально «сын Агабека». Такая модель типична для фамилий, возникших в среде кавказских и тюркских народов, вошедших в состав Российской империи. В отличие от чисто русских фамилий на -ов, которые часто образовывали от крестильных имен, здесь мы видим прямой перенос мусульманского имени в русскую официальную форму.

Интересна география фамилии. Несмотря на тюркские корни, основная масса носителей Агабековых сегодня сосредоточена не в Поволжье или Средней Азии, а на Кавказе — особенно в Дагестане, Азербайджане и среди армян. Это объясняется историей региона: титул «бек» был широко распространен у азербайджанских ханов, кумыкских князей и армянских меликов. В среде армян, например, фамилия Агабеков (или Агабекян) встречается у потомков знатных родов, владевших землями в Нагорном Карабахе.

С точки зрения словообразования, фамилия Агабеков стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Агаларов, Агаханов, Агамирзоев — все они начинаются с «ага-» и указывают на старшинство или господство. Редкость фамилии в том, что она сочетает два властных титула в одной основе, что делало её носителя в глазах окружающих человеком «дважды знатным». Впрочем, после 1917 года многие потомки беков утратили привилегии, и фамилия перестала быть маркером сословия, сохранив лишь историческое звучание.