Фамилия Агубеков — одна из тех, чью историю можно прочитать по частям. В её основе лежит мужское имя Агубек, которое лингвисты считают диалектным вариантом более распространённого восточного имени Агабек. Здесь работают два корня. Первый — «ага» со значением «старший», «господин», «почтенный человек». Второй — «бек», слово, заимствованное из тюркских языков (и через них восходящее к арабскому), которое переводится как «князь», «повелитель», «начальник», «глава», «хозяин». Сложив части, получаем смысловую формулу: «самый главный» или «старший господин».

Родители, давая сыну такое составное имя, скорее всего, вкладывали в него пожелание высокого положения, власти и удачной карьеры. Имя с частицей «бек» было престижным: его давали в семьях, где хотели подчеркнуть знатное происхождение или, наоборот, надеялись, что ребёнок добьётся положения в обществе.

Словообразовательная модель фамилии проста и прозрачна: к основе Агубек прибавили русский патронимический суффикс -ов. Это стандартный способ русификации нерусских имён и прозвищ в XIX–XX веках. Фамилия Агубеков буквально означает «сын Агубека» и принадлежит к типичным фамилиям народов Кавказа и Закавказья, где имена с компонентом «бек» особенно распространены.

Интересно, что переход от «Агабек» к «Агубек» произошёл, скорее всего, в устной речи. В некоторых тюркских и кавказских языках гласный звук в начале слова мог редуцироваться или меняться под влиянием местного произношения. Так вариант «Агубек» закрепился в документах и стал самостоятельной фамилией, а не просто оформился как диалектная форма.

Встречается Агубеков преимущественно среди народов, исторически связанных с тюркской и арабо-персидской культурной традицией — у осетин, ингушей, чеченцев, а также у народов Дагестана. Фамилия не имеет отношения к русским дворянским родам, но это не делает её историю менее конкретной: она прямо указывает на родовое имя предка, который носил это составное имя-титул.