Фамилия Агубекова образована от имени Агубек, которое является диалектным вариантом восточного мужского имени Агабек. Первая из них - Ага – имеет значение «старший». Вторая - Бек — в переводе с арабского на русский язык означает «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». Исходя из этого, имя Агабек имеет значение «самый главный». Вероятно, родители, нарекая ребенка таким именем, желали своему сыну достойного будущего и больших успехов в карьере. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Агубековых можно лишь на основании генеалогических исследований.