Фамилия Абубекова — женская форма фамилии Абубеков, которая образована от арабского имени Абубекр. Это имя, в свою очередь, состоит из двух частей: «абу» (отец) и «бекр» (девственник, молодой верблюд). В мусульманской традиции Абу Бакр — это прозвище первого праведного халифа, сподвижника пророка Мухаммеда, что делает имя одним из самых почитаемых в исламе. Фамилия, таким образом, восходит к личному имени, которое давали в честь этого исторического деятеля.

Словообразовательная модель здесь проста: к основе имени Абубекр (в русской записи часто теряется конечный согласный «р», и мы видим вариант Абубек) добавляется русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Абубеков). В результате фамилия означает «потомок Абубека» или «сын Абубека». Появление суффикса -ов — типичный для тюркских и кавказских народов способ русификации фамилий, когда местное имя обрастало русским окончанием при взаимодействии с имперской администрацией.

Географически фамилия Абубекова наиболее распространена среди народов Северного Кавказа — особенно у кумыков, ногайцев, аварцев, а также у татар и башкир. Встречается она и в среде казахских и киргизских родов, где форма имени Абубакр (или Абубек) также широко бытовала. Социальный контекст: носителями фамилии могли быть как потомки духовных лиц (мулл, кадиев), так и представители знати, поскольку имя Абубекр было престижным. Однако в XX веке фамилия демократизировалась и теперь встречается в самых разных слоях населения.

Стоит отметить, что в русском языке фамилия склоняется по правилам прилагательных: Абубекова, Абубековой, Абубекову и так далее. Ударение в большинстве диалектов падает на третий слог: Абубе́кова.