Фамилия Абубекова — женская форма фамилии Абубеков, и её происхождение напрямую связано с одним из самых почитаемых имён в исламе. В основе лежит арабское имя Абубекр (или Абу Бакр), которое переводится как «отец девственника» или «отец молодого верблюда». Однако для мусульманского мира это имя значит гораздо больше: Абу Бакр ас-Сиддик — первый праведный халиф, тесть и ближайший сподвижник пророка Мухаммеда. Давать ребёнку такое имя значило не просто назвать его, а возложить надежду на праведность и уважение в обществе.

Словообразовательная модель здесь проста и показательна. К основе «Абубек» (в русской записи конечный «р» часто отпадал) добавили русский патронимический суффикс -ов. Суффикс отвечает на вопрос «чей?», поэтому фамилия Абубеков буквально означает «сын Абубека» или «потомок Абубека». Это типичный пример русификации фамилий у тюркских и кавказских народов: местное имя обрастало русским окончанием при контактах с имперской администрацией, особенно в XIX веке при переписях и воинском учёте.

Географически фамилия Абубекова встречается чаще всего на Северном Кавказе — у кумыков, ногайцев, аварцев. Много носителей среди татар и башкир, а также в казахской и киргизской среде, где форма Абубакр или Абубек бытовала веками. Социальный контекст здесь двоякий: с одной стороны, имя Абубекр было престижным, его давали в честь халифа, и носителями фамилии могли быть потомки мулл, кадиев или родовой знати. С другой стороны, в XX веке фамилия полностью демократизировалась и теперь встречается в самых разных слоях населения, от сельских жителей до городской интеллигенции.

В русском языке фамилия склоняется по правилам прилагательных: Абубекова, Абубековой, Абубекову. Ударение в большинстве говоров падает на третий слог: Абубе́кова. Это не случайно — ударение сохраняется на той же позиции, что и в исходном имени Абубек, где оно тоже на втором слоге основы.