Фамилия Абубекер — один из тех случаев, когда фамилия прямо, без посредников, отсылает к мусульманскому миру и тюркской языковой среде. Её основа — арабское имя Абу Бакр (أبو بكر). Самый точный перевод — «отец девственницы», но в исламской традиции за этим именем закрепилось иносказательное, более глубокое значение — «отец чистоты». Носителем этого имени был ближайший сподвижник и тесть пророка Мухаммеда, первый праведный халиф Абу Бакр ас-Сиддик. Фамилия, по сути, представляет собой прямую транскрипцию этого имени, зафиксированную в документах Российской империи.

Словообразовательная модель здесь необычна для русского уха. В фамилии Абубекер нет типичных суффиксов принадлежности (-ов, -ев, -ин, -ский), которые превращают имя отца в фамилию сына. Перед нами «застывшая» форма полного имени, что характерно для фамилий, возникших у татар, башкир, казахов, народов Кавказа и Средней Азии. В российской канцелярской традиции XIX — начала XX века такие имена часто записывали без изменений, и они переходили по наследству как есть.

Географически фамилия Абубекер встречается в регионах традиционного ислама в России: в Татарстане, Башкортостане, среди ногайцев, кумыков, а также в Азербайджане. Варианты написания разнятся: Абубакиров, Абубекеров, Абубакар. Форма с суффиксом -ов (Абубекеров) уже адаптирована под русскую грамматику и буквально означает «сын Абубекера». Форма без суффикса, Абубекер, — более архаичная, прямая передача имени, без попытки встроить её в славянскую словообразовательную модель.

Есть и любопытная фонетическая деталь. В некоторых тюркских языках, например в кумыкском, имя Абу Бакр произносится как «Абувкюр» или «Абувкар». При записи на слух, особенно малограмотным писарем, это могло дать именно вариант «Абубекер». Так что фамилия — не столько указание на профессию или прозвище предка, сколько маркер его религиозной и культурной идентичности. Предок носителя, скорее всего, был назван в честь почитаемого исламского деятеля, и это имя закрепилось за родом, минуя стадию прозвища.