Фамилия Абубекер — одна из тех, что прямо выводит нас в мусульманский мир и тюркскую языковую среду. Её основа — арабское имя Абу Бакр (أبو بكر), что переводится как «отец девственницы» или, в более точном иносказательном значении, «отец чистоты». Это имя в исламской традиции носил ближайший сподвижник и тесть пророка Мухаммеда, первый праведный халиф Абу Бакр ас-Сиддик. Фамилия, по сути, является транскрипцией этого имени, закреплённой в документах Российской империи.

Словообразовательная модель здесь проста и нехарактерна для исконно русских фамилий. В фамилии Абубекер нет типичного русского суффикса принадлежности (-ов, -ев, -ин, -ский). Она представляет собой «застывшую» форму полного имени, что типично для фамилий, возникших у татар, башкир, казахов, народов Кавказа и Средней Азии. В русской канцелярской традиции XIX — начала XX века такие имена часто записывали без изменений, и они становились наследственными.

Географически фамилия Абубекер распространена в регионах традиционного ислама в России: в Татарстане, Башкортостане, среди ногайцев, кумыков, а также в Азербайджане. Встречаются варианты написания: Абубакиров, Абубекеров, Абубакар. Второй вариант, с суффиксом -ов, уже адаптирован под русскую грамматику и означает «сын Абубекера», тогда как форма без суффикса — более архаичная, прямая передача имени.

Интересная деталь: в некоторых тюркских языках (например, в кумыкском) имя Абу Бакр произносится как «Абувкюр» или «Абувкар», что при записи на слух могло дать вариант «Абубекер». Таким образом, фамилия — не столько указание на профессию или прозвище предка, сколько маркер его религиозной и культурной идентичности: предок носителя, скорее всего, был назван в честь почитаемого исламского деятеля, и это имя закрепилось за родом.