Фамилия Аубекер — редкий случай в русском ономастиконе. Она почти не встречается в центральной России, зато её корни ведут в тюркскую и арабо-мусульманскую среду. По сути, это не «русская» фамилия в привычном смысле, а адаптированное к кириллице личное имя, которое в XIX–XX веках закрепилось как наследственное прозвище.

Основа фамилии — сложносоставное арабское имя Ау-бекер (или Аубекер). Первая часть, «Ау» — фонетический вариант «Абд» (араб. عبد — «раб»), вторая — «Бекер»: искажённое «Бакр» (араб. بكر — «верблюжонок», «молодой»). В мусульманской традиции «Абд аль-Бакр» означало бы «раб Восходящего» (один из эпитетов Аллаха), но в бытовом употреблении имя Аубекер чаще связывают с именем первого халифа Абу Бакра. Через тюркские языки (казахский, татарский, киргизский) имя вошло в обиход как Аубекір или Әубекір, где «Әу» — местное прочтение арабского «Абд».

В русской записи фамилия застыла без суффикса — это характерно для фамилий из «инородческого» населения: казахов, татар, башкир, которых записывали в метрики просто по имени (Аубекер, а не Аубекеров). Если бы фамилия образовывалась по славянской модели, мы бы увидели «Аубекеров» (чей? — сын Аубекера). Отсутствие суффикса говорит о том, что в момент фиксации носителя воспринимали как «Аубекера» — без патронимического оформления. Такие фамилии часты у сибирских татар, у казахов в Оренбургской губернии и у ногайцев.

Носители фамилии Аубекер — почти наверняка потомки людей, чьи предки исповедовали ислам и носили имя в честь Абу Бакра. Географически фамилия привязана к Казахстану, Башкортостану, Татарстану и прилегающим регионам. Встречается и у карачаево-балкарцев, но там чаще пишется как Аубекир. В русских переписях XIX века таких фамилий единицы — они появлялись, когда кочевников переводили в оседлость и давали им паспорта с записью имени как фамилии.