Фамилия Аубекер — редкий случай в русском ономастиконе, и её необычность сразу бросается в глаза: у неё нет привычного для славянских фамилий суффикса. Если бы её оформляли по русской модели, мы бы увидели «Аубекеров» (чей? — сын Аубекера), но вместо этого фамилия застыла в виде чистого имени. Это прямо указывает на обстоятельства её появления: в XIX–XX веках представителей «инородческого» населения — казахов, татар, башкир — записывали в метрики и паспорта просто по имени, без патронимического оформления. Такая практика была распространена в Оренбургской губернии, у сибирских татар и ногайцев при переводе кочевников в оседлость.

Основа фамилии — сложносоставное арабское имя Аубекер, которое в тюркской среде звучит как Аубекір или Әубекір. Первая часть, «Ау», — это фонетический вариант арабского «Абд» (عبد — «раб»). Вторая часть — «Бекер», искажённое «Бакр» (араб. بكر — «верблюжонок», «молодой»). В мусульманской традиции «Абд аль-Бакр» означало бы «раб Восходящего» (один из эпитетов Аллаха), но в бытовом употреблении имя Аубекер чаще связывают с именем первого халифа Абу Бакра. Через тюркские языки, где «Әу» — местное прочтение арабского «Абд», имя вошло в обиход именно в этой форме.

Носители фамилии Аубекер — почти наверняка потомки людей, исповедовавших ислам и носивших имя в честь Абу Бакра. Географически фамилия привязана к Казахстану, Башкортостану, Татарстану и прилегающим регионам. Встречается она и у карачаево-балкарцев, но там чаще пишется как Аубекир. В центральной России фамилия почти не встречается — это не «русская» фамилия в привычном смысле, а адаптированное к кириллице личное имя, закрепившееся как наследственное. В русских переписях XIX века таких фамилий единицы, что подтверждает её редкий и локальный характер.