Фамилия Аубекерова — женская форма мужской фамилии Аубекеров, и её происхождение напрямую связано с исламским именем Абдул-Кабир. В основе лежит арабское имя ‘Абд аль-Кабир, что переводится как «раб Великого» (аль-Кабир — одно из 99 имён Аллаха, означающее «Великий»). Однако при переходе в тюркскую языковую среду это имя претерпело серьёзные фонетические изменения: начальное «абд» сократилось, а «Кабир» через стадию «Кебир» или «Габир» превратилось в «Аубекер». Для казахского, башкирского и татарского языков такие стяжения обычны: сложное арабское имя упрощали до удобного произносительного варианта, отбрасывая часть звуков.

Словообразовательная модель фамилии проста. Суффикс -ов — это русский патронимический формант, который добавили при документальном оформлении фамилий в XIX — начале XX века, когда тюркские народы Российской империи получали фамилии по отцу. Окончание -а в женском варианте указывает на принадлежность к роду: Аубекерова — дочь или жена человека по имени Аубекер. По сути, это стандартная модель, знакомая по тысячам других русских фамилий, но с нестандартной тюркской основой.

Географически фамилия чаще всего встречается среди казахов, особенно на юге Казахстана и в приграничных областях России — Астраханской и Оренбургской. Встречаются также варианты написания: Аубекирова, Абекерова. Это не ошибки, а следы разной записи одного имени в метрических книгах и советских паспортах: писарь мог записать имя на слух, а единых стандартов транслитерации тогда не было. Ударение в фамилии обычно падает на третий слог: Аубеке́рова, хотя в устной речи встречаются колебания — некоторые носители ставят ударение на второй слог.

Носительницы фамилии Аубекерова — потомки человека по имени Аубекер. Их предки могли быть как кочевниками-скотоводами, так и оседлыми ремесленниками или торговцами. Фамилия не указывает на конкретное сословие: она встречается и среди крестьян, и среди духовенства, и среди военных. Единственное, что можно сказать наверняка: основатель рода носил имя, подчёркивающее религиозную традицию, что говорит о глубинной связи семьи с исламской культурой.