Фамилия Аубекерова — женская форма мужской фамилии Аубекеров, которая имеет тюркское происхождение и связана с исламским именем Абдул-Кабир. В основе лежит арабское имя ‘Абд аль-Кабир — «раб Великого» (одно из 99 имён Аллаха — аль-Кабир, «Великий»). При переходе в тюркскую языковую среду имя подверглось фонетическим изменениям: начальное «абд» сократилось, а «Кабир» через стадию «Кебир» или «Габир» превратилось в «Аубекер». В казахском, башкирском и татарском языках такие стяжения обычны: сложное имя упрощается до удобного произносительного варианта.

Суффикс -ов в фамилии Аубекеров — русский патронимический формант, который добавили при документальном оформлении фамилий в XIX — начале XX века, когда тюркские народы Российской империи получали фамилии по отцу. Окончание -а в женском варианте указывает на принадлежность к роду: Аубекерова — дочь или жена Аубекера.

Географически фамилия чаще всего встречается среди казахов, особенно на юге Казахстана и в приграничных областях России (Астраханская, Оренбургская). Встречаются также варианты написания: Аубекирова, Абекерова — это следы разной записи одного имени в метрических книгах и советских паспортах. Ударение в фамилии обычно падает на третий слог: Аубеке́рова, хотя в устной речи встречаются колебания.

Носительницы фамилии Аубекерова — потомки человека по имени Аубекер. Их предки могли быть как кочевниками-скотоводами, так и оседлыми ремесленниками или торговцами. Фамилия не указывает на конкретное сословие: она встречается и среди крестьян, и среди духовенства, и среди военных. Единственное, что можно сказать наверняка: основатель рода носил имя, подчёркивающее религиозную традицию.