Фамилия Абубекерова (и её мужской вариант Абубекеров) прямо указывает на имя предка-мусульманина. В основе лежит мужское имя Абубекер — один из вариантов арабского имени Абубакр (Абу-Бакр). В переводе с арабского оно означает «отец чистоты» или «воплощение чистоты». Имя это составное: «абу» (в арабском — «аб») переводится как «отец», «владыка», «основной владелец», а «бакр» (Бакер) — «верблюжонок», что в переносном смысле означает «молодой, чистый, целомудренный».

Модель образования фамилии типична для тюркских и кавказских народов, исповедующих ислам: к мужскому имени добавили русский патронимический суффикс -ов (в женском варианте — -ова). Буквально фамилия значит «потомок (или жена) Абубекера». Такие фамилии часто встречаются у татар, башкир, народов Дагестана и других регионов, где имя Абубакр (сподвижник пророка Мухаммеда, первый праведный халиф) было широко распространено.

В отличие от многих русских фамилий, где суффикс -ов указывает на принадлежность отцу, здесь он закрепился за родовым именем, передаваясь по наследству. Если предка звали Абубекер, его дети становились Абубекеровыми, а внуки уже носили эту фамилию как постоянную. Встречаются и более редкие варианты написания — Абубакаров, Абубекиров, — но Абубекерова сохраняет более архаичную огласовку имени, близкую к тюркскому произношению.