Фамилия Абубякерова — женская форма, образованная от мужской фамилии Абубякеров. Её основа — мусульманское мужское имя Абубякер, которое представляет собой один из вариантов более известного имени Абубакер. Эта фамилия — прямой ответ на вопрос «чей ты будешь?»: она указывает на потомка человека по имени Абубякер.

Само имя Абубакер составное. Первая часть, «абу», восходит к арабскому слову «аб» — «отец», «основной владелец» или «истинный хозяин». Вторая часть, Бакер, переводится с арабского как «верблюжонок», а в переносном значении — «молодой», «чистый», «целомудренный». Соединяясь, эти части дают значение «отец чистоты» или «воплощение чистоты». Имя Абубакер хорошо известно в исламском мире: его носил первый праведный халиф, сподвижник пророка Мухаммеда, что придаёт имени высокий религиозный авторитет.

Фамилия Абубякерова, скорее всего, имеет тюркское или кавказское происхождение. В русском языке она получила типичный фамильный суффикс -ов, который присоединяли к основам на согласный. Форма Абубякерова встречается реже, чем Абубакирова, и это говорит о региональных или диалектных особенностях произношения: замена «а» на «я» (Абубякер вместо Абубакер) характерна для некоторых тюркских языков, например татарского или башкирского. Именно в этих регионах фамилия встречается чаще всего.

Таким образом, фамилия Абубякерова хранит память о предке, носившем почётное арабское имя, и указывает на его связь с мусульманской традицией.