Фамилия Абубекеров — это типичная «патронимическая» фамилия, то есть образованная от личного имени отца. В основе лежит мужское имя Абубекер — один из вариантов арабского имени Абубакр (Абу-Бакр). Это имя носил первый праведный халиф, близкий сподвижник пророка Мухаммеда, и оно широко распространено у народов, исповедующих ислам.

Имя Абубакр состоит из двух частей. Первая часть — «абу» — восходит к арабскому слову «аб» (отец). В именах этот компонент означает «отец чего-либо» или «обладатель чего-либо». Вторая часть — «бакр» — переводится с арабского как «верблюжонок», а в переносном смысле — «молодой, чистый, целомудренный». Отсюда одно из значений имени — «отец чистоты» или «воплощение чистоты».

Русский суффикс -ов указывает на принадлежность: «Абубекеров» буквально означает «сын Абубекера» или «из рода Абубекера». Такая модель образования фамилий (имя + -ов/-ев) характерна для русской ономастики и закрепилась в XIX веке, когда представители тюркских и кавказских народов, входивших в состав Российской империи, получали фамилии по отцу на русский манер.

Фамилия Абубекеров встречается преимущественно в среде татар, башкир, а также у народов Северного Кавказа (например, у кумыков и ногайцев). Встречаются варианты написания: Абубакиров, Абубекеров, Абубакеров. Разница в огласовке (е/а/и) связана с особенностями произношения в разных тюркских языках и диалектах. Все они восходят к одному и тому же имени-первоисточнику.