Фамилия Аубекеров — яркий пример тюркской антропонимической модели, которая закрепилась в русской среде через суффикс принадлежности -ов. Её основа — мужское имя Аубекер, которое представляет собой диалектный или фонетический вариант имени Абубекр (через тюркское посредничество). Абубекр, в свою очередь, восходит к арабскому Абу Бакр («отец девственницы») — так звали первого халифа, сподвижника и тестя пророка Мухаммеда. Имя широко бытовало у многих тюркских народов, особенно у казахов, киргизов, башкир и татар.

Словообразовательная цепочка выглядит так: исходное арабское имя → тюркское Аубекер (с закономерным выпадением одного «б» и упрощением группы согласных) → русский патроним Аубекеров («сын Аубекера»). Суффикс -ов здесь стандартный для русских фамилий, образованных от основ на твёрдый согласный. В тюркской среде той же модели соответствовала бы фамилия Аубекер улы или Аубекер оглы.

Географически фамилия Аубекеров наиболее характерна для Казахстана и сопредельных регионов России (Оренбургская, Астраханская области), где исторически складывались смешанные русско-казахские анклавы. В дореволюционных документах носители фамилии записывались как «Аубекеровы» — с окончанием на -ых в форме множественного числа, что указывало на целый род или семейство. Позже, при становлении советского паспортного учёта, форма закрепилась в единственном числе.

Любопытная деталь: в некоторых современных переписях встречается вариант написания «Аубекеров» с ударением на второй слог — Аубéкеров, хотя исторически ударение должно падать на последний слог (Аубекéров) по аналогии с русскими фамилиями от имён на -ер. Разнобой в ударении — верный признак того, что фамилия прошла через несколько языковых сред и до сих пор не унифицирована в бытовом произношении.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Аубекеров стоит в одном ряду с Абубекировым и Абубякяровым (у татар-мишарей). Но именно форма с «Ау» — наиболее «степная», характерная для кочевых тюркских диалектов, где начальный гласный звук мог редуцироваться или меняться под влиянием местного произношения. Предки современных Аубекеровых, скорее всего, были скотоводами или воинами, а имя получили в честь уважаемого религиозного деятеля — не обязательно прямого потомка халифа, но человека, носившего это престижное имя в роду.