Фамилия Аубеков образована от мужского мусульманского имени Аубек. Это имя составное: первая часть восходит к древнетюркскому слову «ау», которое означает «отец» или «истинный владелец». Вторая часть — тюркское «бек» («князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин»). Сложившись, эти корни давали имя-пожелание: родители, называя сына Аубеком, хотели, чтобы он вырос мудрым и уважаемым человеком, настоящим хозяином своей судьбы.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для тюркских фамилий, вошедших в русский обиход: к имени Аубек добавили русский патронимический суффикс -ов, который отвечает на вопрос «чей?». Так «Аубеков» буквально означает «сын Аубека» или «принадлежащий роду Аубека». Встречаются и другие варианты записи — например, Аубе́ков, с ударением на второй слог, что связано с местными диалектными нормами произношения.

Фамилия распространена преимущественно среди народов, исторически связанных с тюркским миром, — особенно в Казахстане, Киргизии, а также у башкир и татар. В России Аубековы чаще всего встречаются в Оренбургской, Астраханской областях и в Татарстане. География бытования подсказывает, что предки носителей фамилии могли быть кочевниками-скотоводами или жителями оседлых аулов, где имя Аубек было нередким.

Стоит отметить, что в некоторых тюркских языках слово «ау» имеет и другие значения — например, «охота» или «зверь». Однако версия с «отцом» и «владельцем» выглядит убедительнее: она хорошо вписывается в традицию составных имён с компонентом «бек», которые давали детям из знатных или уважаемых семей. В любом случае, фамилия Аубеков — яркий пример того, как тюркская антропонимика соединилась с русской фамильной моделью, сохранив древний смысл имени-оберега.