Фамилия Аубекирова — женская форма, а её мужской вариант Аубекиров. Она тюркского происхождения и распространена в основном среди народов Северного Кавказа, прежде всего у балкарцев и карачаевцев, а также встречается у казахов. В основе фамилии лежит сложное имя Аубекир (или Аубекир) — тюркская адаптация арабского имени Абу Бакр. Абу Бакр (в переводе «отец девственницы») — имя первого праведного халифа, сподвижника и тестя пророка Мухаммеда, что делает это имя очень почитаемым в исламе.

Однако в тюркской среде, особенно у карачаево-балкарцев, имя Аубекир могло приобрести и самостоятельное значение. Слово «ау» в тюркских языках означает «охота», а «бекир» — «укреплённый», «крепкий», «господин». Таким образом, Аубекира могли трактовать и как «крепкий охотник» или «господин охоты» — то есть имя могло быть не только религиозным, но и мирским, указывающим на занятие или силу предка. Эта двойная этимология — от арабского имени и от тюркских корней — типична для фамилий, сформировавшихся на стыке культур.

Суффикс -ов (в женском роде -ова) указывает на русскую модель образования фамилий, которая закрепилась у народов Кавказа и Средней Азии в XIX–XX веках, в период вхождения этих территорий в состав Российской империи. Обычно такие фамилии образовывались от имени отца: Аубекир → сын Аубекира → Аубекиров. То есть фамилия буквально означает «принадлежащий к роду Аубекира». Сейчас это одна из распространённых, но не массовых фамилий в Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии, а также в Казахстане, где ударение часто смещается на последний слог — Аубеки́ров.