Фамилия Аубкирова — женская форма мужской фамилии Аубкиров. Основа у них общая, а различаются они только окончанием, указывающим на пол носителя: -а для женщин, нулевое для мужчин. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от тюркских корней, где окончание фамилии подчиняется правилам русской грамматики.

Словообразовательный центр фамилии — корень «Аубкир-». Он явно не славянского происхождения. Скорее всего, в его основе лежит тюркское личное имя или прозвище. Вероятнее всего, это сложное имя, состоящее из двух частей: «ау» (может означать «охота», «охотник» в некоторых тюркских языках) и «бир» (от тюркского «давать» или «один»). Таким образом, имя Аубкир могло означать «охотник, дающий добычу» или «единственный охотник». Вторая часть могла восходить и к арабскому «бирр» («доброта», «благочестие»), что дало бы значение «охотник за добром».

Суффикс -ов- в фамилии Аубкиров — стандартный русский патронимический суффикс, который добавили к тюркской основе при русификации. Это произошло в XIX–XX веках, когда представители тюркских народов, входивших в состав Российской империи, получали или выбирали фамилии по русскому образцу. Фамилия Аубкирова не относится к старинным дворянским родам — она бытовая, указывающая на предка по имени Аубкир.

Географически фамилия Аубкирова распространена преимущественно в регионах с тюркским населением: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Встречается она редко, что говорит о её локальном происхождении — вероятно, от конкретного родового имени в одном из башкирских или татарских селений.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что корень «Ауб-» встречается в фамилиях Аубакиров, Аубаев, но Аубкиров — более редкий вариант, где вторая часть имени сокращена или переосмыслена. Это делает фамилию уникальной даже внутри своего ареала.