Фамилия Аубкирова — женская форма, парная к мужской Аубкиров. Разница только в окончании: -а указывает на женщину, нулевое — на мужчину. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от тюркских корней, где окончание подчиняется правилам русской грамматики.

Словообразовательный центр фамилии — корень «Аубкир-», явно не славянского происхождения. Вероятнее всего, это сложное тюркское имя или прозвище из двух частей: «ау» (в некоторых тюркских языках — «охота», «охотник») и «бир» (от тюркского «давать» или числительного «один»). Таким образом, имя Аубкир могло означать «охотник, дающий добычу» или «единственный охотник». Вторая часть могла восходить и к арабскому «бирр» («доброта», «благочестие»), что дало бы значение «охотник за добром». Обе версии рабочие, но первая — с охотничьей семантикой — выглядит правдоподобнее для прозвищного имени в тюркской среде.

Суффикс -ов- в основе Аубкиров — стандартный русский патронимический суффикс, который добавили к тюркскому корню при русификации. Процесс шёл в XIX–XX веках, когда представители тюркских народов Российской империи получали или выбирали фамилии по русскому образцу. Фамилия не относится к старинным дворянским родам — она бытовая, указывающая на предка по имени Аубкир.

Географически фамилия Аубкирова встречается преимущественно в регионах с тюркским населением: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Она редкая, что говорит о локальном происхождении — вероятно, от конкретного родового имени в одном из башкирских или татарских селений.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что корень «Ауб-» встречается в Аубакиров, Аубаев, но Аубкиров — более редкий вариант, где вторая часть имени сокращена или переосмыслена. Это делает фамилию уникальной даже внутри своего ареала: носителей мало, и каждый случай, скорее всего, восходит к одной семейной ветви.