Фамилия Аубаирова — женская форма мужской фамилии Аубаиров, и её происхождение напрямую связано с тюркским миром, скорее всего, с казахской или башкирской средой. В основе лежит личное имя Аубай (вариант — Абай), которое в тюркских языках имеет значение «старший брат», «дядя» или «почтенный, уважаемый человек». Суффикс -ир- в данном случае — редкий для славянских моделей, но характерный для тюркского словообразования: он превращает имя в родовое прозвище. Таким образом, Аубаиров — буквально «потомок Аубая» или «из рода Аубая».

Географически фамилия почти не встречается за пределами бывших кочевых регионов: основная масса носителей сосредоточена в Казахстане (особенно в Западном и Центральном), а также среди башкир и татар в Челябинской и Оренбургской областях России. Интересно, что в русских переписях XIX века эта фамилия почти не фиксируется — она появилась в документах в основном в советское время, когда у тюркских народов активно оформлялись паспортные фамилии. Это указывает на относительно позднюю письменную фиксацию, хотя сам род мог быть древним.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с арабским именем Ауба (возвращение, покаяние), но в тюркской среде оно не было распространено, поэтому версия с «почтенным старшим» выглядит убедительнее. Социально предки Аубаировых, скорее всего, были скотоводами или воинами — в кочевых обществах прозвище «Аубай» давали не по возрасту, а по авторитету. Никаких дворянских корней у фамилии нет: это чисто народная, патронимическая модель, возникшая в среде, где родство считалось важнее сословных титулов.

В написании стоит обратить внимание на окончание: -а, а не -я, что типично для фамилий тюркского происхождения, адаптированных к русской грамматике. Если бы фамилия была исконно славянской, женская форма звучала бы как Аубаирова (с ударением на второй слог), но в живом произношении казахских носителей ударение часто падает на последний слог — Аубаирова́. Эта деталь выдает недавний переход фамилии в русский контекст.