Фамилия Аубакиров имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Аубакиров уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Аубакиров являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Аубакирова образована от арабского мужского имени Аубакир, которое восходит к двум основам. Первая из них, «ау», является одной из форм имени «Абу», в переводе на русский язык означающего «отец; истинный владелец». Вторая часть — имя Бакир, имеет два значения: «обучающийся, изучающий; достигающий», «рано созревший, быстро выросший». Вероятно, родители, нарекая ребёнка именем Аубакир, желали своему сыну стать мудрым и уважаемым человеком. Среди наиболее известных однофамильцев — Токтар Онгарбаевич Аубакиров (р. 1946), 256-й космонавт мира, 72-й (и последний) космонавт СССР. Первый космонавт казахской национальности. Ныне депутат Мажилиса Парламента Республики Казахстан. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Аубакиров способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Аубакиров представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.