Фамилия Аубакировы происходит от арабского мужского имени Аубакир. Это имя составное: первая часть «ау» — форма имени «Абу», что значит «отец» или «истинный владелец». Вторая часть — «Бакир», у которого два значения: «обучающийся, изучающий; достигающий» и «рано созревший, быстро выросший». Родители, называя сына Аубакиром, желали ему стать мудрым и уважаемым человеком.

Своими корнями фамилия уходит в XV–XVII века. Она относится к распространённому типу древних восточных фамилий, которые ведут начало от тюркских народов — выходцев из Золотой Орды, печенегов или половцев. Сведения о восточном происхождении фамилии Аубакиров подтверждаются восточным именем её родоначальника.

Русский суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: Аубакиров — буквально «сын Аубакира» или «потомок Аубакира». Проникновению таких основ в русские фамилии способствовал исторический факт: многие дворяне в России были по происхождению нерусскими. Фамилия Аубакиров — памятник восточной письменности и культуры.

Самый известный носитель фамилии — Токтар Онгарбаевич Аубакиров (р. 1946), 256-й космонавт мира, 72-й (и последний) космонавт СССР. Он стал первым космонавтом казахской национальности. Ныне — депутат Мажилиса Парламента Республики Казахстан.