Фамилия Аубакир — одна из тех, что не вписывается в привычную для русского уха модель на -ов или -ин. Она целиком состоит из личного имени, без суффикса, и потому сразу указывает на тюркское, скорее всего казахское, происхождение. Прямой ответ на вопрос «откуда фамилия?» — из арабо-мусульманского именника, который через ислам прочно вошёл в тюркскую среду.

В основе фамилии лежит имя Аубакир. Это фонетический вариант арабского имени Абу Бакр (أبو بكر). В классическом арабском «Абу Бакр» означает «отец девственницы» (имеется в виду дочь пророка Мухаммеда Аиша, которая была девственна на момент брака). Первым носителем этого имени был ближайший сподвижник и тесть пророка, первый праведный халиф Абу Бакр ас-Сиддик. В тюркских языках, особенно в казахском, имя адаптировалось к местной фонетике: начальное «Абу» стянулось в «Ау», а «Бакр» сменило гласную на «Аубакир» или «Абакир». Так что фамилия буквально означает «потомок (или человек по имени) Аубакир».

Словообразовательная модель здесь простая: фамилия оформлена как чистое имя, без добавления русского патронимического суффикса. В казахской традиции фамилии часто образовывались от имени отца или предка, и Аубакир — типичный пример такой «бессуффиксной» фамилии. Это отличает её, скажем, от русских фамилий типа Абакумов (от той же основы Абакум, но с суффиксом -ов). Встречаются варианты написания: Аубакиров, Абакиров — это уже русифицированные формы, где к основе добавили суффикс принадлежности.

Географически фамилия Аубакир наиболее распространена в Казахстане, особенно в южных и западных областях, а также среди казахской диаспоры. В России она редка и встречается в основном в регионах с тюркским населением или в крупных городах, куда переезжали из Средней Азии. Социальный контекст: носители фамилии в прошлом — это люди, чьи предки носили это имя, часто как дань уважения халифу Абу Бакру. Среди казахов имя Аубакир не было исключительно аристократическим, его давали и простым кочевникам, и представителям знати. Фамилия не указывает на конкретное сословие или ремесло — она чисто патронимическая, по имени деда или прадеда.