Фамилия Абубакир стоит в русском ономастиконе особняком — она не славянская по происхождению, а арабо-тюркская, и попала в русскую среду через народы Северного Кавказа, Поволжья и Средней Азии. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён с помощью суффиксов (-ов, -ев, -ин), Абубакир — это фамилия без форманта: она представляет собой застывшую форму личного имени, которое и стало родовым прозванием.

Основа фамилии — арабское имя Абу Бакр (أبو بكر), что значит «отец девственницы» или, в более точном религиозном контексте, «отец (верблюдицы)» — так звали ближайшего сподвижника пророка Мухаммеда и первого халифа. В тюркских языках (татарском, башкирском, кумыкском) имя адаптировалось в форму Абубакир, где конечное «р» закрепилось из-за местного произношения. Фамилией это имя стало, когда дети и внуки человека по имени Абубакир начали передавать его по наследству без изменений — так называемая «арабская» модель, когда фамилия совпадает с именем деда или отца.

В России фамилия Абубакир встречается в основном среди татар, башкир и народов Дагестана. В русских документах XVII–XIX веков её фиксировали в разных написаниях: Абубакиров, Абубакиръ, а иногда и просто Абубакир. Если предки носили такую фамилию, они почти наверняка были мусульманами, и род их восходит к человеку, названному в честь одного из самых почитаемых исламских деятелей. Сословно это могли быть как крестьяне и ремесленники (в татарских и башкирских деревнях), так и представители духовенства или торговцы — имя Абубакир давали не по знатности, а по вере.

Интересная деталь: в русской среде фамилия Абубакир не склоняется, если она мужская, и не меняет окончания у женщин — это типично для фамилий, оканчивающихся на согласный и не имеющих славянского суффикса. В отличие от фамилии Абубакиров, которая уже «обрусела» и подчиняется правилам русского языка, форма Абубакир сохраняет исходный облик и выдаёт более позднее или сознательное закрепление имени в качестве фамилии.