Фамилия Абубакир стоит в русском ономастиконе особняком. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён с помощью суффиксов -ов, -ев или -ин, эта фамилия не имеет славянского форманта. Она представляет собой застывшую форму личного имени, которое и стало родовым прозванием — так называемая «арабская» модель, когда фамилия совпадает с именем деда или отца без каких-либо изменений.

Основа фамилии — арабское имя Абу Бакр (أبو بكر). В религиозном контексте его чаще всего переводят как «отец девственницы» или «отец (верблюдицы)» — так звали ближайшего сподвижника пророка Мухаммеда и первого праведного халифа. В тюркские языки (татарский, башкирский, кумыкский) имя перешло в адаптированной форме Абубакир, где конечное «р» закрепилось из-за местного произношения. Фамилией оно стало, когда потомки человека по имени Абубакир начали передавать его по наследству без изменений.

В России фамилия Абубакир встречается в основном среди татар, башкир и народов Дагестана. В русских документах XVII–XIX веков её фиксировали в разных написаниях: Абубакиров, Абубакиръ, а иногда и просто Абубакир. Если предки носили такую фамилию, они почти наверняка были мусульманами, и род их восходит к человеку, названному в честь одного из самых почитаемых исламских деятелей. Сословно это могли быть как крестьяне и ремесленники в татарских и башкирских деревнях, так и представители духовенства или торговцы — имя Абубакир давали не по знатности, а по вере.

Интересная деталь: в русской среде фамилия Абубакир не склоняется, если она мужская, и не меняет окончания у женщин — это типично для фамилий, оканчивающихся на согласный и не имеющих славянского суффикса. Сравните с фамилией Абубакиров, которая уже «обрусела» и подчиняется правилам русского языка: форма Абубакир сохраняет исходный облик и выдаёт более позднее или сознательное закрепление имени в качестве фамилии. Такая модель образования встречается редко и обычно указывает на то, что фамилия закрепилась уже после того, как носители вошли в русскоязычную среду, или наоборот — сохранилась как сознательный маркер этнической идентичности.