Фамилия Абубакр — один из тех редких случаев, когда русская фамилия почти без изменений сохраняет арабское личное имя. Её основа — имя Абу Бакр (араб. أبو بكر), которое переводится как «отец девственницы» или, в более точном религиозном контексте, «отец юной верблюдицы». Это имя носил первый праведный халиф Абу Бакр ас-Сиддик, ближайший сподвижник и тесть пророка Мухаммеда, поэтому оно чрезвычайно распространено в мусульманском мире.

В русской среде фамилия Абубакр — это не прозвище и не производное от ремесла, а прямое заимствование. Она образована без типичных русских суффиксов (-ов, -ев, -ин, -ский), что сразу выдает её нерусское происхождение. Такие фамилии, как правило, принадлежат потомкам татарских, башкирских, кавказских или среднеазиатских мусульман, которые в разное время вошли в состав Российской империи. В метрических книгах XIX века у мусульман Волго-Уральского региона и Кавказа имя Абубакр (в местных произносительных вариантах — Абубакир, Абубекр) нередко записывали как фамилию для детей, не меняя её окончания.

Интересно, что у татар и башкир бытует и фамилия Абубакиров — с русским суффиксом -ов, который адаптирует арабское имя под стандартную модель русских фамилий. Фамилия Абубакр без суффикса встречается реже и может указывать на более позднюю русификацию или на то, что предки сохранили исходную форму имени при переходе в русскую документацию. Встречается она и у крымских татар, и у народов Дагестана, где арабские имена традиционно записывали без изменений.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Абубакр стоит особняком: она не подчиняется законам русской морфологии, не склоняется (как и все фамилии на согласный в мужском роде) и не имеет форманта, указывающего на род занятий или место жительства. Это чисто антропонимический реликт — личное имя, ставшее родовым прозвищем. Для этимолога она интересна как пример того, как исламская культура через ономастику вписалась в русский быт, не изменив своего звучания.