Фамилия Абубов ведет свою родословную от мусульманского мужского имени Абуб. Это сокращенная, или краткая, форма более полного имени Абубакер, которое состоит из двух смысловых частей. Первая часть — компонент «абу», который является вариантом арабского «абель» и восходит к слову «аб». На арабском это слово означает «отец ребенка», а также «основной, истинный владелец». Вторая часть — имя Бакер, которое переводится как «верблюжонок», а в переносном смысле — «молодой, чистый, целомудренный». Сложенное вместе имя Абубакер приобретает значение «воплощение чистоты» или, более буквально, «отец чистоты».

Фамилия образована по простой и распространенной русской модели: к основе Абуб добавили типичный фамильный суффикс -ов. Этот суффикс в русском языке указывает на принадлежность: Абубов — это «сын Абуба» или «потомок Абуба». Таким образом, человек, которого в быту звали просто Абуб (сокращая громоздкое полное имя), стал родоначальником целой семьи. Со временем, когда отчество перешло в разряд фамилий, его потомки и закрепили за собой форму Абубов.

Интересно, что фамилия Абубов — редкий случай, когда в русский ономастикон вошла не полная арабская форма (как, например, Абубакиров), а ее более короткий, обиходный вариант. Это говорит о том, что предки носителей фамилии, скорее всего, были людьми, которых в повседневном общении называли по сокращенному имени, что характерно для бытовой традиции многих народов.