Фамилия Абубовы — один из тех родовых имен, которые отчетливо указывают на восточные корни. В ее основе лежит мужское имя Абуб, которое выступает сокращенной формой от более полного и известного Абубакер. Разбирая это имя, мы попадаем в арабскую языковую традицию. Первая часть, «абу», восходит к слову со значением «отец ребенка» или «владелец», а вторая — Бакер — переводится как «верблюжонок», но в переносном смысле означает «молодой», «чистый», «целомудренный». Сложенное вместе имя Абубакер осмысляется как «воплощение чистоты» или «отец чистоты».

Фамилию образовали по русской модели: к основе Абуб добавили типичный для фамилий суффикс принадлежности -ов. Так, потомок человека по имени Абуб получал прозвание Абубов, которое со временем закрепилось как наследственная фамилия. Стоит заметить, что написание через «о» в суффиксе — стандартный для русского языка способ адаптации тюркских и арабских имен.

Говорить о точном времени появления фамилии Абубовы сложно. Процесс становления фамилий у разных народов и в разных регионах шел неравномерно. Если у русских дворян фамилии складывались уже в XVI–XVII веках, то у народов Поволжья, Кавказа или Средней Азии массовое закрепление фамилий пришлось на более поздний период — вплоть до начала XX века. Поэтому фамилия Абубовы могла возникнуть и в среде татарских мурз, и в азербайджанской среде, и у народов Дагестана. Окончательный ответ о конкретной географической точке и сословии может дать только глубокое генеалогическое исследование с опорой на архивные документы конкретной семьи.