Фамилия Абубякировы (в мужском роде — Абубякиров) ведет свое начало от мусульманского имени Абубакир. Это имя составное: первая часть «Абу» переводится с арабского как «отец», а вторая — «Бакир» — означает «изучающий». Таким образом, имя в целом можно истолковать как «отец знающего» или «отец ученого», что указывало на высокий статус или уважение к знаниям в семье родоначальника.

Словообразовательная модель фамилии типична для русского языка: к основе имени Абубакир добавили суффикс -ов, образующий притяжательные фамилии. В итоге фамилия буквально означает «принадлежащий Абубакиру», то есть потомок человека по имени Абубакир.

Исторически фамилия относится к числу тех, что проникли в русскую среду благодаря тюркским и золотоордынским корням многих дворянских родов. В XV–XVII веках выходцы из Орды, печенеги и половцы нередко поступали на русскую службу, принимали православие или сохраняли ислам, но в любом случае их имена становились основой для фамилий. Абубякировы, скорее всего, происходят именно из такой среды: родоначальник носил восточное имя, а его потомки осели в России и со временем получили фамилию по отцу.

В отличие от многих других фамилий, образованных от арабских имен, здесь сохранилось написание с буквой «ё» (Абубякировы), что встречается реже и может указывать на конкретный регион бытования — например, на территории современного Татарстана или Башкортостана, где исламские имена переплетались с русской фамильной системой.

Точных сведений о сословной принадлежности всех носителей фамилии нет, но исторический контекст позволяет предположить, что предки Абубякировых могли быть служилыми людьми, татарами-мурзами или купцами, имевшими дело с Востоком. Фамилия не утратила связи с исходным именем и сегодня воспринимается как яркий памятник восточной письменности и культуры в русском ономастиконе.