Фамилия Абубукиров — один из ярких примеров того, как арабское имя, пройдя через тюркскую языковую среду, закрепилось в русской фамильной модели. Её основа восходит к арабскому имени Абу Бакр (أبو بكر), что означает «отец девственницы» — имеется в виду отец Айши, любимой жены пророка Мухаммеда. Первым носителем этого имени был ближайший сподвижник пророка и первый халиф. В тюркских языках, особенно у башкир, татар и народов Кавказа, имя приобрело огласовку Абубакир или Абубукир, где конечное «р» закрепилось как адаптация арабского «ра».

К основе Абубукир добавлен русский патронимический суффикс -ов, который в данном случае выполняет не отчество, а фамильную функцию: «сын Абубукира». Модель образования типична для фамилий, возникших у крещёных или контактировавших с русской администрацией тюркских народов в XIX — начале XX века. Интересно, что в арабском оригинале имя пишется с двумя «б» и одним «к», а в тюркском варианте часто появляется второй «к» (Абубакир) или даже «г» (Абубакиров). Форма Абубукиров с удвоением «бу» встречается реже, что может указывать на диалектное произношение или на осознанное сохранение полной формы имени в конкретном роду.

Географически фамилия Абубукиров тяготеет к Башкортостану, Татарстану, а также к Чечне и Дагестану, где имя Абубакар (вариант Абу Бакра) очень распространено. Однако в отличие от массовой фамилии Абубакиров, вариант с «у» во втором слоге более редок и чаще фиксируется у башкир и татар, чем у народов Кавказа. Социально предки носителя фамилии, скорее всего, были мусульманами-суннитами, не принадлежавшими к высшей аристократии — фамилии на -ов у тюркских народов часто получали муллы, торговцы или зажиточные крестьяне, чьи имена записывали в метрические книги русские чиновники.

Словообразовательный нюанс: в фамилии сохранился арабский артикль «Абу» («отец»), который в тюркской среде стал восприниматься как часть личного имени. В русской записи он не отсекается и не русифицируется, что отличает Абубукирова от фамилий вроде Бакшеев (от сокращённой формы Бакши). Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Абубакиров встречается в десятки раз чаще, а Абубукиров — более локальный и, возможно, более старый вариант написания, закрепившийся в конкретной семье или волости.