Фамилию Абубекировы образовали от мусульманского мужского имени Абубекир — варианта имени Абубакир. В основе этого имени два арабских элемента: «абу» и «бекир». Компонент «абу» восходит к слову «аб», которое означает «отец ребенка», а также «основной, истинный владелец». Второй компонент — «бекир», вариант имени Бакер, в переводе с арабского значит «верблюжонок», а в переносном смысле — «молодой, чистый, целомудренный». Цельное имя Абубекир переводится на русский как «воплощение чистоты» или «отец чистоты».

Такая словообразовательная модель — отцовское имя плюс русский патронимический суффикс -ов — характерна для многих фамилий, которые складывались у народов Северного Кавказа, Поволжья и Средней Азии в XIX–XX веках, когда местные имена адаптировались к русской документальной традиции. Со временем потомки человека по имени Абубекир получили фамилию Абубекировы.

Фамилия Абубекировы — самобытный памятник восточной культуры, но точное время и место её возникновения назвать непросто. Фамилии такого типа могли закрепиться в разных регионах независимо друг от друга: у татар, башкир, кумыков, чеченцев или народов Дагестана. Окончательный ответ о происхождении конкретной ветви рода дадут только серьёзные генеалогические изыскания в местных архивах.